Ένα από τα αρχαιότερα και πολυτιμότερα κειμήλια που κοσμούν την Ιερά Μονή, είναι η θαυματουργός Εικόνα της Παναγίας της Υψενής, η οποία χρονολογείται στα τέλη του 15ου αιώνα και αρχές του 16ου αιώνα. Είναι τοποθετημένη στο δεξιό μέρος του Ιερού Ναού, σε ξεχωριστό ξυλόγλυπτο προσκυνητάρι και ευλογεί όσους με πίστη και ευλάβεια προσέρχονται σε αυτήν.
Όσον αφορά την αγιογράφηση της εικόνας, μπορούμε με βεβαιότητα να μιλήσουμε για την ύπαρξη τριών διαφορετικών χρωματικών στρωμάτων στα απεικονιζόμενα πρόσωπα. Συγκεκριμένα, το πιο πρόσφατο χρονολογικά εντάσσεται στις αρχές του 17ου αιώνα. Το στρώμα αυτό που φέρει χαρακτηριστικά μεταβυζαντινής περιόδου αφαιρέθηκε κατά τη συντήρηση, αφού διαπιστώθηκε η ύπαρξη προγενέστερου στρώματος, που χρονολογείται στα τέλη του 15ου και αρχές του 16ου αιώνα.
Τα θαύματα που επιτελεί είναι καθημερινά και απειράριθμα. Ευλαβείς χριστιανοί μαρτυρούν τη ζωντανή παρουσία της Θεομήτορος, τη λύση της στειρώσεως, την ίαση ασθενών και την πληροφόρηση των πιστών για να έρθουν να την προσκυνήσουν.
Η πίστη και η αγάπη των χριστιανών προς τη Θεομήτορα εκδηλώνεται με το έθιμο της λιτάνευσης της ιεράς εικόνας στο χωριό της Λάρδου κατά τους δύο τελευταίους αιώνες. Τη Δευτέρα της Διακαινησίμου, πιστοί από τη Λάρδο διανύουν τον ανηφορικό δρόμο προς τη Μονή πεζοί, για να παραλάβουν την Ιερά Εικόνα μετά το πέρας του Εσπερινού. Την Τρίτη της Διακαινησίμου η Εικόνα περιφέρεται υπό του ιερέως σε όλα τα σπίτια του χωριού, προκειμένου να λάβουν την ευλογία Της. Το απόγευμα της ίδιας ημέρας, «λαῷ πεζοποντοποροῦντι καὶ θεαρέστως μέλποντι» το Χριστός Ανέστη, μεταφέρεται η Εικόνα στο «θρονί» Της.